Son nom pourrait dériver du phénicien "màlat" qui veut dire "refuge" ou "port", et dont la racine sémantique se retrouve dans la ville sicilienne de Melita. En effet, les ancêtres de ces petits chiens vivaient alors sur le pourtour de la Méditerranée Centrale dans les ports et sur les navires, où ils chassaient les rats et souris qui infestaient les magasins portuaires et les cales des bateaux. Il ne vivait pas spécialement à Malte, où il ne tire pas son nom. Le Bichon Maltais va donc être importé sur le continent sud-américain entre le 8e et le 11e siècle, donnant notamment le Bichon Havanais.